Das Bethanien wurde 1845-1847 von Theodor Stein nach den Plänen von Ludwig Persius als Diakonissenanstalt mit Lehrkrankenhaus erbaut.

1970 wird es als Krankenhaus geschlossen.

1973 war die Wiedereröffnung des Bethanien als Zentrum für Kultur und Soziales mit dem Atelier- und Ausstellungsprogramm der Künstlerhaus Bethanien GmbH, der Druckwerkstatt des Kulturwerkes des bbk Berlin, der Musikschule Kreuzberg und der kommunalen Galerie des Kunstamts Kreuzberg, einer Seniorenbegegnungsstätte, der Namik-Kemal-Bibliothek, Lehrerseminaren und einem Sozialamt.

2004 wurde die Seniorenbegegnungsstätte geschlossen. 2005 fand der Auszug des Sozialamtes aus dem 1.+2. OG. des Südflügels statt.

Am 11.06.2005 erfolgte die Besetzung des 1. und 2. OG. des Südflügels durch das Hausprojekt „York59“.

Am 06.07.2006 hatte das Bürgerbegehren der Initiative Zukunft Bethanien (IZB) Erfolg: Es war der Beginn der „Runden Tische“ zur Entwicklung eines Nutzungskonzeptes.

Seit Beginn des Jahres 2009 hat der Südflügel e.V. einen Mietvertrag. Im Südflügel e.V. sind der Verein „Druschba e.V.“, die Kindergruppe Kreuzberg Nord, die Heilpraktikschule sowie der Verein Theaterbündnis Blumenstrauß e.V. organisiert. Der Südflügel e.V. nutzt eigenständige Eingänge mit eigenen Hausnummern (Mariannenplatz 2a und 2b).

Am 01.05.2009 übernahm die GSE gGmbH die Bewirtschaftung des Bethanien. Das Bethanien nennt sich von nun an Kunstquartier Bethanien – auch in Abgrenzung zur Künstlerhaus Bethanien GmbH, die zum 30.06.2010 das Bethanien verlassen hat und in die Kohlfurter Straße 41-43 gezogen ist.

Ende Mai 2010 eröffnete neu das Café-Restaurant „3 Schwestern“ im Kunstquartier Bethanien. Es verfügt über einen schönen Gartenbereich im Innenhof sowie über ein Eiscafé am Haupteingang. Abends wird das künstlerische Programm des Hauses durch eigene Veranstaltungen (wie z.B. Konzerte, Lesungen, Theater) erweitert.

Seit dem 01.09.2010 hat das Atelierbüro der Senatskanzlei für Kulturelle Angelegenheiten 16 Ateliers im Kunstquartier Bethanien bezogen.

Seit dem 01.03.2011 sind internationale Projekte aus den Bereichen Theater und Tanz ins Kunstquartier Bethanien eingezogen und nennen sich als Zusammenschluss „Darstellende Künste im Kunstquartier Bethanien“. Hierzu gehören u.a. das Zentrum Bundesrepublik des internationalen Theaterinstituts (ITI), das Mime Centrum Berlin, ehrliche arbeit – freies Kulturbüro, die Dramaturgische Gesellschaft, SheShePop, DepArtment und andere.